12400系は改良型の12410系・12600系も含めて全て4両編成となっております。しかし6両編成で運転されたこともありました。
1979年から1980年までお召し列車に充当された際に12401Fからモ12451とサ12551を抜き、捻出した2両の前後を入れ替えてから12402Fのモ12452とサ12552の間に挿入する形で編成が組まれました。但し、1980年のみは12401Fが充当されています。
また、1984年は12402Fに2両化した12401Fを連結した6両編成で運転されています。
その後、21000系等デラックスカーを連結した車両が登場して以降はこれらの車両で運転されるようになり、現在は汎用型車両が充当されることは無くなった模様です。